Общей методологической основой экологического нормирования является структурно-функциональный анализ, предусматривающий системное изучение уровня внутренней организации почв и почвенного покрова, характера их функционирования, распространения и эволюции. В то же время объективизация критериев установления допустимого уровня антропогенного воздействия на почву является чрезвычайно сложной методологической задачей, далекой от окончательного решения.

Под нормированием, как правило, понимают установление определенной шкалы воздействий, отображающей вред, который причиняется почвам и сопредельным средам, и разделяет состояние объекта на нормальное и ненормальное, благополучное и неблагополучное. Основными методологическими подходами к нормированию является санитарно-гигиенический и экологический (экотоксикологический), интеграция которых неоднократно обсуждалась за последние тридцать лет.

Первый подход является исключительно антропоцентрическим и базируется на определении “узкого места” в системе показателей вредности, второй – предусматривает оценку отрицательного действия внешних факторов на комплекс показателей, характеризующих реакцию экосистемы. Тем не менее, единство конечной цели, схожесть проблем и общность инструментария гигиеничного и экологического нормирования постепенно приводят к мысли об искусственности их противопоставления.